分子动力学模拟什么软件比较好

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精选答案

一般有机物优选gromacs，核酸模拟优选amber，大体系（比如粒子数十万到上亿）优选lammps，MS不是分子动力学模拟的软件，不过其中的forcite和gulp模块可以做分子动力学。

具体选择哪个软件，关键看你能找到哪个软件能用的势表或力场。gulp可以直接输入势参数计算，但是对势表支持不好，能支持的势的函数形式也有限，但它做几何优化是非常厉害的，其实它更多的是一个分子力学软件。gromacs我只用来算过蛋白质分子，它可以用gromos，oplsaa，charmm力场，不过经常遇到找不到某些分子的力场参数的问题，需要自己找工具来修补。amber没有用过，只知道它的力场算核酸很厉害，对于pistack相互作用有一定的描述。lammps我用来算金属，用得最多，相变和力学问题都算过，计算模拟非常强大，不过建模和后期处理功能偏弱，需要自己有较强动手能力，或找其它工具软件配套，建议使用前先有bash和python的基础，还有就是自带的势表非常少，需要自己去文献中找参数来做势表，或者到美国那几个网站去下载，lammps可以混合使用几种不同的势的形式，它称之为pair_hybrid。谨供参考吧，祝好运。